线虫培养、同步化及相关培养基制备指南
记录于 2025-4-21对现有的实验方案进行部分调整 LB 培养基固体需加琼脂粉 15 g/L（250 mL 加 3.75 g） 配方（1L / 250 mL） 1L 250 mL NaCl 5 g 1.25 g 胰蛋白胨 10 g 2.5 g 酵母提取粉 5 g 1.25 g 使用 1M NaOH 调 pH 7.5，121℃ 高压灭菌。 NGM 培养基（铝箔包装） 成分 1L 400 mL 100 mL NaCl 3.0 g 1.2 g 0.3 g 细菌蛋白胨 2.5 g 1 g 0.25 g 琼脂粉 17 g 6.8 g 1.7 g 去离子水 975 mL 390 mL 97.5 mL 121℃ 高压灭菌，冷却至 55℃ 后加入： 添加剂 1L 400 mL 100 mL 胆固醇 (5 mg/mL) 1 mL 0.4 mL 0.1 mL 1 M CaCl₂ 1 mL 0.4 mL 0.1 mL 1 M MgSO₄ 1 mL 0.4 mL 0.1 mL 1 M KPO₄...
从0开始做分子对接——基于Windows系统的Autodock对接教程
总结本文介绍了在 Windows 环境下使用 AutoDock4 进行蛋白-小分子分子对接的完整流程。首先说明了AutoDock4 与 MGLTools 的安装方法，并利用 Pymol 对受体进行去水、加氢等预处理。随后，通过 AutoDockTools 对受体与配体文件计算电荷、设置扭转键并生成 pdbqt 文件。接着，设置 Grid Box 实现盲对接区域定义，生成并运行 GPF 与 DPF 文件，完成对接计算。最后，通过 Analyze 模块查看结合能结果，并用 OpenBabel 将结果转换为 pdb 文件在 Pymol 中可视化。整体流程清晰、步骤完整，为初学者开展分子对接实验提供了实用参考。 Autodock4安装在进行简单的蛋白——小分子对接之前，需要对必要的前置软件进行安装，首先安装Autodock4。 其官网为：https://autodock.scripps.edu/download-autodock4/ 先点击Windows然后下载 选中一个文件夹（建议新建文件夹放进去，不要用C盘），点击安装即可 然后安装Mgltools 在这里我们需要选择带图形界面...
逃离鸭科夫任务仓库路线任务攻略
前言最近在打逃离鸭科夫的时候遇到个叫仓库路线的任务，怎么找都找不到位置，看了小地图和随便走走才发现真正的路线。 完成方法完成这个任务的方法也挺简单的，只需要按照小地图标上的地方进去即可，需要小心急速团长和他们的小弟。
SQL DCL语句详解：掌握数据库用户管理和访问数据库权限
DCL介绍DCL英文全称是Data ControlLanguage(数据控制语言)，用来管理数据库 用户、控制数据库的访问权限。 DCL —— 管理用户123456789# 查询用户USE mysql;SELECT * FROM user;# 创建用户CREATE USER '用户名'@'主机名' IDENTIFIED BY '密码';# 修改用户密码ALTER USER '用户名'@'主机名' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY '新密码'# 删除用户DROP USER '用户名'@'主机名' 实例 1234567891011# 创建用户哈基米，只能够在localhost访问，密码123456create user '哈基米'@'localhost' identified by '123456';# 创建用户大狗叫...
SQL DML语句详解：掌握增删改三大核心操作
DML介绍DML英文全称是Data Manipulation Language（数据操作语言），用来对数据库中表的数据记录进行增删改操作。 添加数据（INSERT） 修改数据（UPDATE） 删除数据（DELETE） DML——添加数据1234567# 给指定字段添加数据INSERT INTO 表名（字段名1、字段名2、....） VALUES（值1、值2、....）;# 给全部字段添加数据INSERT INTO 表名 VALUES（值1、值2、...）;# 批量添加数据INSERT INTO 表名（字段名1、字段名2、....）VALUES（值1、值2、....）, （值1、值2、....）, （值1、值2、....）;INSERT INTO 表名 VALUES（值1、值2、...）, （值1、值2、....）, （值1、值2、....）, （值1、值2、....）; 注意： 插入数据时，指定的字段顺序需要与值的顺序是一一对应的 字符串和日期型数据应该包含在引号中 插入数据的大小，应该在字段的规定范围内 示例： 123456789# 给指定字段添加数据insert i...
R语言快速上手：从安装到矩阵操作的完整笔记
前言在前些年，笔者主要使用的是python语言进行数据的分析工作。在后面到研二期间进行生物数据的处理时，发现R语言在转录组分析或代谢组学分析的场景应用更加广泛，基于以上需求，遂开始对R语言的语法与数据结构进行学习并整理。 R包的安装常用模块的安装在R语言中是使用以下命令进行安装 1install.packages("xxx") R包的更新 1update.packages("xxx") 安装与应用的实例 12345if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")library(DESeq2) 在这里是先通过安装BiocManager，再通过BiocManager安装DESeq2的模块，而后引用DESeq2这个包 R包的使用引用 1library(xxx) 展示使用文档 123help(pa...
SQL 实战入门：DDL数据库操作+三大数据类型全解析
数据库操作12345678910# 查询所有数据库SHOW DATABASE;# 查询当前数据库SELECT DATABASE();# 创建数据库CREATE DATABASE [IF NOT EXISTS] 数据库名 [DEFAULT CHARSET 字符集] [COLLATE 排序规则];# 删除数据库DROP DATABASE [IF EXISTS] 数据库名;# 使用数据库USE 数据库名; 表操作123456# 查询当前数据库所有表SHOW TABLES;# 查询表结构DESC 表名;# 查询指定表的建表语句SHOW CREATE TABLE 表名; 表操作-创建1234567CREATE TABLE 表名( 字段1 字段1类型[COMMENT 字段1注释], 字段2 字段2类型[COMMENT 字段2注释], 字段3 字段3类型[COMMENT 字段3注释], .... 字段n 字段n类型[COMMENT 字段n注释],)[COMMENT 表注释]; 例子 创建这个表： id name age gender 1 哈基米 ...
二代测序数据基础分析(一)
技术介绍 第二代测序技术，1990s - 2010s 第二代测序技术从原理上分为三种方法： Roche 454测序法 IIIumina Solexa/Hiseq测序法 ABI Solid测序法 三种二代测序技术的对比： 总结 二代测序技术总体而言都有着同一种特性： 需荧光或化学发光物质 需聚合酶或连接酶 需购买昂贵的试剂耗材和光学系统 需强大的图形分析计算能力 WES分析流程WES分析流程分为5个步骤： WES分析流程 数据质量控制 序列比对分析 变异检测 变异注释 一. WES分析流程原始测序数据——数据质量控制——序列比对——变异检测——变异注释——完成 二. 数据质量控制数据质控标准： 去掉reads中的接头 去除低质量（BP<20）碱基的reads 去除序列头尾的N碱基 去除头尾N碱基后若剩余reads长度小于40bp（双端），则丢弃该对序列 原始数据下载——sratoolkit软件 123456# 安装conda install sra-tools# 找到sra数据，下载srr listprefetch SRR1139956# sra...
python导入模块时遇到ModuleNotFoundError: No module named ’xxx‘
前言记录以前学习python的时候遇到模块导入问题的解决方法 问题出现过程在python导入模块时候遇到 ModuleNotFoundError: No module named “pandas” 出现错误的代码块如下： 12import pandas as pdimport numpy as np 出现： 123Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module>ModuleNotFoundError: No module named 'pandas' 解决方法在terminal下运行指令： 12345678# 使用condaconda install pandas# 使用pippip install pandas# 在该环境下使用pip安装python -m pip install pandas# 基于清华源使用pip安装（推荐）pip install -i https://mirrors.tuna.tsinghua.e...
秀丽隐杆线虫油红O响应值测定方法
前言在做秀丽隐杆线虫实验的时候，我们往往需要对线虫测定脂肪分布，这时候可能需要使用油红O染色法测定线虫脂肪滴的分布，在这里就简易地说一下测定的方法。 实验准备需要有ImageJ软件、油红O线虫染色的照片如图所示： 测定过程打开ImageJ 其软件界面如图所示： 首先点击Analyze——Set Measurement.. 按图选择所需要的指标： 点击OK 打开线虫染色的图片 点击File——Open——选择照片 图片RGB转灰度处理 点击Image——Type——8-Bits 此时图片变成灰度图： 将图片反转选择 点击Edit——Invert 此时图片变成如下图所示： 设定阈值 点击Image——Adjust——Threshold 按照所需要的数值进行调整，尽量将线虫染色的区域囊括进去 随后点击 对线虫本体进行框选 测定响应值 框选完毕后测定响应值，点击Analyze——Measure 得出测定油红O的响应值，一般文献会选择线虫的平均光密度 也就是平均光密度=IntDen / Area 在这里的数值为：152.035, 和Mean值基本相同，...