R语言基础语法学习记录
前言在前些年，笔者主要使用的是python语言进行数据的分析工作。在后面到研二期间进行生物数据的处理时，发现R语言在转录组分析或代谢组学分析的场景应用更加广泛，基于以上需求，遂开始对R语言的语法与数据结构进行学习并整理。 R包的安装常用模块的安装在R语言中是使用以下命令进行安装 1install.packages("xxx") R包的更新 1update.packages("xxx") 安装与应用的实例 12345if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")library(DESeq2) 在这里是先通过安装BiocManager，再通过BiocManager安装DESeq2的模块，而后引用DESeq2这个包 R包的使用引用 1library(xxx) 展示使用文档 123help(pa...
使用hexo-pro新建文章时出现TypeError: __permalink.startsWith is not a function
错误发生过程在hexo-pro点击新建文章时没反应，并且控制台出现一系列错误： 123456789101112131415161718192021222324ERROR Process failed: _drafts/1.mdTypeError: __permalink.startsWith is not a function at Hexo.postPermalinkFilter (E:\personalBlog\jinhenghaoBlog\node_modules\hexo\dist\plugins\filter\post_permalink.js:14:26) at Filter.execSync (E:\personalBlog\jinhenghaoBlog\node_modules\hexo\dist\extend\filter.js:72:36) at Hexo.execFilterSync (E:\personalBlog\jinhenghaoBlog\node_modules\hexo\dist\hexo\index.js:403:35) ...
hexo-butterfly博客搜索功能的实现
前言最近一直想给自己的博客添加搜索功能，用于搜索自己的贴子。经过搜索一些教程并结合自己的思考，遂整理成这样的贴子用以记录下部署过程。 最终实现效果如下（输入123即可弹出搜索结果）： 插件的安装此搜索功能是借助于hexo-generator-search插件实现的，要用到这个功能，需要安装此插件： 1npm install hexo-generator-search --save 此外，在__config.xml文件下增加功能： 12345search: path: search.xml field: post content: true template: ./search.xml 然后，在博客的目录下新增search.xml，这个xml文件是一个搜索模板，没有它就无法生成搜索结果。 search.xml可在GitHub上进行下载。链接如下：https://github.com/wzpan/hexo-generator-search/blob/master/templates/search.xml 其代码如下： 12345678910111213141516171...
windows下基于anaconda的开源版pymol的安装
安装pymol时用的是win7，也能适用于win10，只不过我主机已经安装了,这里是开了个虚拟机演示。 Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages地址(用于下载pymol包)：https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/链接挂掉了，但是可以通过github的release进入下载 Anaconda官网：https://www.anaconda.com/ 如果使用pip命令出现无法安装的问题，视情况而解决，不过很有可能只是需要更换为国内镜像就可以了，在这里提供一个临时调用镜像源的命令(这里的some-package指的是包的文件，比如pymol-2.6.0a0-cp38-cp38-win_amd64.whl)： pip install some-package -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ win版本的gromacs安装，对于win7用户来说，设置环境变量也是一样，只不过在搜索那里改成“环境变量”——...
wormlab3.0使用介绍
https://www.youtube.com/watch?v=OdZGgVD_iv4 视频转载自油管，并使用deepseek自动进行翻译k自动进行翻译
基于AutoDock-Vina的小分子并行对接
需求：有一个需要用一种受体对八千多个小分子对接的任务，故写下此脚本。 对接数据如下： 不同名称的中药 其中一种中药含有的各种成分，已经通过 prepare_receptor4.py 批量转换为 pdbqt 文件 对接脚本如下，放到不同中药文件夹的目录下运行即可（linux）： 1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162# -*- coding: utf-8 -*-"""Created on *********@author: 真弓快车该脚本的目的是检查因为异常而未能对接成功的分子，再批量对接example:vina --ligand ./*/*.pdbqt --out result.pdbqt --config 2oxe.conf > result.log"""import osimport sysfrom joblib im...
一个简单的训练集划分脚本
需求：需要对数据集进行 0.7 比例的训练集验证集划分，并分配 100 张图片作为测试集 基于以上需求编写该脚本，代码如下： 12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940414243444546474849505152535455565758596061626364656667686970import osimport timeimport numpy as npimport shutildef main(): splitNum = 0.7 # 训练集验证集划分比例 imagePath = './wormPic/images/' txtPath = './wormPic/txt/' imageList = os.listdir(imagePath) txtList = os.listdir(txtPath) totalNum = len(imageList) testNum = 100 # 默认10...
多浓度线虫高糖培养基配方记录
记于2025-6-11 要求（100 mg/mL母液浓度，配制400 mL培养基的目标浓度），使用稀释公式 C₁V₁ = C₂V₂ 计算各浓度所需母液体积（单位：μg/mL与mL需统一） 具体计算如下： 🔢 关键参数 母液浓度 (C₁)****：100 mg/mL = 100,000 μg/mL（1 mg = 1000 μg） 目标体积 (V₂)****：400 mL 目标浓度 (C₂)****：25、50、100、200、500 μg/mL 需加母液体积 (V₁)**：按公式 V₁ = (C**₂ × V₂) / C₁ 📊 计算结果 目标浓度(μg/mL) 需加母液体积(μL) 计算公式与过程 25 100 μL (25 × 400) ÷ 100,000 = 0.1 mL = 100 μL 50 200 μL (50 × 400) ÷ 100,000 = 0.2 mL = 200 μL 100 400 ...
余甘子/野菊花水提冻干粉制备方法记录
记于2025-5-31 制备余甘子、野菊花、余甘子/野菊花 ： 1：1 冻干粉 余甘子水提物的制备：称取 50 g 余甘子粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 野菊花水提物的制备：称取 50 g 野菊花粉末放入烧杯，料 液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min，收集上清液，重复该步骤 2次，将2次上清液合并抽滤。使用旋蒸仪设置温度70°C 进行浓缩至100ml，将浓缩后的溶液进行冷冻干燥，并保存于干燥器中备用 1比1余甘子/野菊花水提物的制备：称取 25g 余甘子粉末和25g野菊花1:1混合放入烧杯，料液比质量比为 1：20，在 80°C水浴下连续搅拌 40 min，得到的滤液在 8000 r·min-1 离心 10 min...
基于gromacs模拟蛋白-配体复合物过程记录
生成蛋白拓扑文件123gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh61 将配体gro加入到蛋白gro并合并，加上原子数目用vmd检查 生成小分子限制势文件12gmx genrestr –f GPH_1npc.gro -o posre_1npc.itpSystem Topol.top修改（引入配体位置限制性文件）：原来： 1234; ; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"[ moleculetype ]; Name nrexclProtein_chain_A 3 修改成： 12345; Include forcefield parameters#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"; include chain topologies#include "GPH_1npc...